针对当前影响农村环境卫生的突出问题，方案提出要重点做好“三清一改”：
清理农村生活垃圾
清理村庄农户房前屋后和村巷道柴草杂物、积存垃圾、塑料袋等白色垃圾、河岸垃圾、沿村公路和村道沿线散落垃圾等，解决生活垃圾乱堆乱放污染问题。
清理村内塘沟
推动农户节约用水，引导农户规范排放生活污水，宣传农村生活污水治理常识，提高生活污水综合利用和处理能力。以房前屋后河塘沟渠、排水沟等为重点，清理水域漂浮物。有条件的地方实施清淤疏浚，采取综合措施恢复水生态，逐步消除农村黑臭水体。
清理畜禽养殖粪污等农业生产废弃物
清理随意丢弃的病死畜禽尸体、农业投入品包装物、废旧农膜等农业生产废弃物，严格按照规定处置，积极推进资源化利用。规范村庄畜禽散养行为，减少养殖粪污影响村庄环境。
改变影响农村人居环境的不良习惯
广泛宣传教育，建立文明村规民约，引导农民自觉形成良好生活习惯，从源头减少垃圾乱丢乱扔、污水乱泼乱倒等不文明行为。
方案明确了村庄清洁行动的五条行动原则，即坚持县级主抓、多方参与，坚持村为单位、农民主体，坚持因地制宜、分类实施，坚持先易后难、循序渐进，坚持教育引导、移风易俗。
方案明确，县（市、区）党委政府主要负责同志要亲自部署、亲自动员、亲自推动；乡镇、村屯党组织书记担任村庄“清洁指挥长”。切实发挥村级党组织战斗堡垒作用、党员干部模范带头作用，发动群众、组织群众，扎扎实实把村庄清洁行动重点任务落到实处，确保《农村人居环境整治三年行动方案》各项目标任务如期完成。
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